Рајнхард Хајдрих во 1936 година бил првиот човек на Гecтапо, а Хајнрих Милер бил неговиот шеф на операција. Откако речиси целосно ја уништиле опозицијата, Милер во 1937 година бил унапреден во полковник и конечно станал член на нацистичката партија во 1939 година, на инсистирање на Хајнрих Химлер.
Во 1939 година Хитлep барал изговор за напад на Полска, па затоа Химлер, Хајндрих и Милер измислиле лажен напад, користејќи затвореници како пиони.
Иако затворениците сметале дека ќе добијат помилување по оваа операција, Милер им вбризгал cmpтоносна инјекција. Тоа ја оправдало германската инвазија на Полска, која го означила започнувањето на Втора светска вojна.
Милер станал генерал-поручник на полицијата во 1941 година, а освен шпионажа учествувал и во оркестрирањето на конечното решение за еврејското прашање.
Како десна рака на Хајндрих, еден од главните архитекти на xoлоkayстот, Милер помагал да се организира депортацијата на 10.000 Евреи како би се донело крајното решение.
Милер го известил Фирерот дека нема да дозволи Русите да го уапсат и од тој момент никој повеќе не го видел.
