Иако рецептот за пица која има исти состојки како и Маргаритата спомнува и еден кувар од 1866 година, еден друг настан- кој и ја донел славата, се зема како повод за нејзиното настанување.
На почетокот, тоа било слично на “погача со домати” која се продавала на улиците и плоштадите на Неапол и главно било храна за сиpoмашните. Во 1889 година куварот Рафаеле Еспозито од пицеријата “Бранди” добил повик да подготви пица во “Палацо Каподимонте”- летниковецот на кралското семејство.
Постојат две приказни зошто Рафаеле го добил повикот: првата е дека кралицата Маргарита сама побарала да проба од пицата која ја јаделе луѓето на плоштадите; а втората – дека пицата била направена поради доаѓањето на кралицата.
Рафаеле пицата ја направил во боите на италијанското знаме: црвено(домати), бело (моцарела) и зелено (босилек).
Од 2009 година рецептот и начинот на приготвување на пицата Маргарита е заштите од ЕУ со ознката “Specialità Tradizionali Garantite:.